Aunque la palabra biogeografía se comenzó a utilizar a partir del siglo XX, el estudio formal de los patrones biogeográficos se remonta al menos al Siglo de las Luces. Ya en el siglo XIX las enciclopedias de Historia Natural y los libros de botánica incluían una sección sobre geografía botánica. A principios del siglo XX se introducen los términos de fitogeografía y zoogeografía, y es hasta la segunda mitad del mismo siglo que se hace la síntesis del estudio de los patrones de la distribución de los seres vivos en una sola disciplina bajo el nombre de banbiogeografía o, simplemente, biogeografía.

Así, se asume que los procesos que moldean la distribución de la vida son comunes a todos los seres vivos. En el siglo XIX, al tratar de describir e interpretar los patrones biogeográficos globales, naturalistas como Humboldt, Augustín de Candolle, Alfonso De Candolle y Alfred R. Wallace encontraron dificultades en explicar tales patrones en el caso de la biota de México. Hasta la fecha, la deconstrucción de varios patrones superpuestos sobre la llamada zona de transición mexicana sigue atrayendo la atención de varios estudiosos de la biogeografía. Alexander von Humboldt tuvo la oportunidad de tomar apuntes de sus observaciones directas de su viaje por México.

Él pudo intercambiar ideas con algunos naturalistas de América, en todos los países que visitó. Su obra está llena de hipótesis acerca de sus observaciones, particularmente acerca de cómo los patrones de distribución de la flora mexicana se apartaban del patrón observado en los Andes.