El Laboratorio de Contaminación Atmosférica tiene la finalidad desarrollar el espíritu de investigación en sus adscritos, incorporando a sus destrezas habilidades, y aptitudes métodos internacionales de laboratorio, campo y gabinete. Con ello, se pueda contribuir al entendimiento, y a la solución de los problemas ambientales derivados de la polución en la Cuenca del Valle de México.

El Laboratorio de Contaminación Atmosférica tiene como propósito investigar y
monitorear el efecto de la contaminación del aire de la cd-Mex. en los bosques urbanos y periurbanos de la cuenca del valle de México.
La alta contaminación del aire acaecida de 1975 a 2000, degradado el ecosistema boscoso del Desierto de los Leones, Ajusco y El Pelado, p. e. la muerte masiva de árboles arrojo la extracción de 360,000 m 3 de madera después de un ventarrón que derribara cientos de árboles por el viento. El censo forestal de 1994, la mortalidad y su cobertura de copa del bosque de pino-oyamel era de 40 a 50% respectivamente. Un reporte oficial público en 1999 una pérdida de superficie boscosa de 14,000 has en cinco años. A pesar de que en el año de 1984 se planeaba reforestar el D. F. con 350 millones de árboles. Es por ello, por lo que en la FES-Z, se llevaron a cabo los programas monitoreo y cuantificación del depósito atmosférico en cinco Parques Nacionales: DDLL, El Pelado, Ajusco, Iztapopocatepetl y Zoquiapan; considerando el bosque de Mineral del Chico Hgo. Como un bosque referencia, debido a encontrase fuera de la Cuenca del Valle de México.