Los microorganismos que habitan en el suelo son muy diversos, presentan complejas interacciones entre ellos y con las plantas, de entre todas las interacciones posibles sobresalen los microorganismos saprobios, simbiontes o parásitos, estas relaciones tienen diferentes efectos en el suelo. Los microorganismos favorecen la eficiencia en la captación de nutrimentos de las plantas, además de que su diversidad es esencial para garantizar los ciclos biogeoquímicos de los nutrimentos, producen hormonas y contribuyen al control de patógenos. Por lo tanto la actividad microbiana es esencial para mantener la fertilidad del suelo y la nutrición de las plantas. En el suelo existen cerca de mil millones de microorganismos por gramo (Kennedy, 1998; Soria, 2016).

Aunque invisibles a la observación directa, los microorganismos del suelo son esenciales para los ecosistemas por su participación en procesos tales como la transformación de la materia orgánica (Paul y Clark, 1996; Estrada-Herrera et al., 2017). La diversidad de funciones de los microorganismos en el suelo contribuye con las propiedades como la estabilidad y fertilidad del suelo, así como con la nutrición de las plantas (Ferrera-Cerrato y Alarcón, 2007); por ello se consideran como un elemento importante en las variables que definen la dinámica del suelo.